港口经济的发展，除了与软硬件基础设施、港口发展制度和政策法规、人才因素有关，还与税收政策有着密切的关系。目前。一些税收问题在一定程度上制约着港口经济的发展。

　　1、缺乏港口经济税收优惠。现有税收优惠政策针对港口经济的不多，没有充分利用税收杠杆，对港口物流技术改善、物流结构调整、物流企业规模扩张等予以扶持。

　　2、税负不一，重复征税。现行税法把陆路运输、水路运输、航空运输、管道运输和装卸搬运归入“交通运输业”税目，税率为3%；邮电通信业，税率为3%；代理业、仓储业、设计、咨询等归入“服务业”税目，税率为5%；兼营不同应税项目，分别核算，否则从高适用税率。现代物流是一体化的经济运动过程，运输、仓储、包装、装卸、配送、流通加工以及物流信息等各个环节都具有内在联系。现行税制把一体化经济运行过程各个环节人为割裂，不利港口经济、物流企业开展一体化运作。

　　3、增值税运费抵扣问题。现行增值税法规规定，增值税一般纳税人外购货物和销售货物所支付的运费，根据运费结算单据(普通发票)所列运费金额按照7%扣除率计算进项税额。根据有关规定，只有正规运输公司才能购买可以进行抵扣的运输发票。物流公司由于除运输外还包括包装、流通加工、配送、储存等许多功能，所以无法取得可以进行抵扣的运输发票。为了抵扣税款，一些功能相对单一的物流公司纷纷改为运输公司，一些综合性物流企业也把运输业务单独分离出来成立运输公司。

　　4、内资、外资税负不公平。如新办的内资交通运输企业可享受一免一减半企业所得税，新办仓储企业可减征或免征所得税一年。而经营货运业的外商投资企业，经营期在10年以上的，可以享受生产性企业两免三减半的所得税税收优惠。纳税主体不同，享受税收优惠政策不一样。

　　针对上述问题，应加大税收政策对港口经济的扶持。
　　1、税收优惠支持港口建设。政府在制定税收政策时，对公益性港口物流基础设施建设应给予全额税收优惠，采用投资抵免办法，即投资主体投资于公益性物流基础设施建设，其投资额允许抵减企业所得税税基。对其它投资额大、投资回收期长的港口物流基础设施，政府给予一定税收优惠；对进行技术改造购进固定资产，在增值税方面允许抵扣固定资产所含税额；在企业所得税方面，允许固定资产采取加速折旧法，降低计税依据数额等。

　　2、统一税负。事实上，拥有资产优势的以运输、仓储起家的“混合型”物流企业，发展壮大的机会更大。中国的物流企业之间、物流企业与工商企业之间应该通过协议、合作、联盟等方式展开协作，政府在税收政策上应给予配套扶持。比如，对合资合作的物流企业所得税税率采用低税率，提供代理服务的物流企业采用3%的营业税税率，鼓励仓库的租赁使用等。

　　3、解决运输发票抵扣问题。要彻底解决运输发票的管理问题，必须结合营业税和增值税改革从根源上解决。一是港口物流企业营业税税率统一按3%征收；二是调整运输发票扣除率，向营业税税率靠拢，消除两者差异；三是增值税由生产型改消费型，扩大扣除范围，在规范物流业市场的基础上，物流企业使用全国统一专用发票抵扣增值税。

　　4、规范统一所得税管理。很多港口物流企业都跨区经营和建立物流服务网站。为了做大做强港口物流企业，一是为各类港口物流企业创造公平竞争环境，结合内、外资所得税改革，统一内、外资港口物流企业所得税，对于新办的各类港口物流企业均给予一定期限的所得税优惠，突破原来的交通运输业、仓储业(内资)或货运行业限制；二是对港口物流企业确属促进技术进步的技术开发费，可以比照工业企业享受技术开发加计扣除企业所得税的合理政策，以促进物流企业加大对技术改造方面的投入。